Photo AFP

"Pithovirus". C'est le petit nom d'un nouveau type de virus géant découvert par des scientifiques. Il a survécu plus de 30.000 ans, bien à l'abri et au froid, congelé dans une couche de permafrost sibérien contemporaine de l'extinction de l'homme de Neandertal, selon une étude franco-russe, présentée ce lundi 3 mars par le CNRS.

Un virus géant inoffensif pour l'homme et les animaux

Découvert dans le sol gelé en permanence de l'extrême Nord-Est sibérien, dans la région autonome de Chukotka, "Pithovirus" (photo Julia Bartoli et Chantal Abergel, IGS, CNRS/AMU) est un virus très ancien, capable d'infecter des amibes mais inoffensif pour les humains et les animaux. Bien différent des virus géants précédemment caractérisés comme le "Mimivirus" (famille Megaviridae), le premier géant découvert en 2003, ou le "Pandoravirus", découvert le 18 juillet 2013, il porte désormais à trois le nombre de familles des virus géants connues.

 Les risques potentiels pour la santé publique du réchauffement climatique

Voilà autre chose. On avait déjà un aperçu alarmant des conséquences de l'élévation des températures sur le climat, en accroissant par exemple l'intensité des phénomènes climatiques extrêmes, et sur la hausse du niveau des mers et des océans. On sait aussi que le permafrost, ou pergélisol, qui a commencé à fondre en Russie, en dégelant, dégage dans l'atmosphère du CO2 en quantité, renforçant le phénomène du réchauffement climatique. Le scoop, c'est que la fonte des glaces et du permafrost pourrait mettre aussi à jour des virus enfouis dans le sol il y a plus de 30.000 ans et qui pourraient être encore infectieux. "La fonte du permafrost due au réchauffement climatique et l'exploitation minière et industrielle des régions arctiques pourraient comporter des risques pour la santé publique", souligne ainsi Jean-Michel Claverie (laboratoire "Information Génomique et Structurale" (IGS-CNRS Marseille, France) co-auteur de l'étude.

Ne pas réveiller le virus qui dort...

La région de Chukotka d'où provient le nouveau virus géant abrite de grandes réserves de pétrole, de gaz naturel, de charbon, d'or et de tungstène. On sait combien la fonte des glaces de la banquise et le dégel du permafrost excitent les appétits féroces des grands groupes industriels miniers et pétroliers internationaux. On comprend pourquoi les scientifiques expriment leur inquiétude pour la santé publique :  des forages inconsidérés dans ce genre de zone, pourraient éventuellement réveiller des virus anciens disparus, infectieux pour l'homme.

Possibilité d'une réémergence de virus

La possibilité d'une réémergence de virus considérés comme éradiqués, comme celui de la variole qui se multiplie de façon similaire à celle des "Pithovirus", à partir de ce grand frigo qu'est le permafrost, ne relève plus d'un scénario de science-fiction, a affirmé le chercheur marseillais à l'AFP, en rappelant que la variole avait sévi dans le passé en Sibérie. 

Evaluer ce risque

Les laboratoires de biologie de Marseille et de Grenoble, avec le concours du Génoscope d'Evry, mènent ainsi une étude "métagénomique" du permafrost qui va permettre d'évaluer ce risque. "Il s'agit de chercher de l'ADN, c'est-à-dire les empreintes génétiques de virus (ou de bactéries) pathogènes pour l'Homme pour voir s'il y a par exemple des traces de variole dans des échantillons de cette couche de permafrost pris à 30 mètres de profondeur", a expliqué Jean-Marc Claverie.

Pour les chercheurs, cette découverte souligne combien notre connaissance de la biodiversité microscopique reste partielle dès que l'on explore de nouveaux environnements. Pour le quidam, elle révèle aussi que nous sommes vraisemblablement bien loin d'avoir fait le tour de toutes les conséquences du changement climatique pour l'avenir de l'humanité et de la planète.

Cathy Lafon

►LIRE AUSSI

• Pour consulter l'étude : "Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology". Cliquer ICI
• Les articles de Ma Planège sur la fonte de la banquise : cliquer ICI

►PLUS D'INFO

• On estime que le pergélisol, qui couvre près d'un quart de l'hémisphère Nord, contient 1.700 milliards de tonnes de dioxyde de carbone, soit le double de la quantité actuellement présente dans l'atmosphère.
• L'étude a réuni des équipes françaises de Marseille et de Grenoble (laboratoire de Biologie à Grande Echelle/CEA-INSERM-Joseph Fourier) et du Génoscope (CEA-CNRS, Evry), ainsi qu'une équipe de l'académie des Sciences de Russie (à Pushchino).
• Contacts.  Chercheur CNRS  : Chantal Abergel Tél +33 4 91 82 54 22 Chantal.Abergel@igs.cnrs-mrs.fr. Chercheur AMU :  Jean-Michel Claverie Tél +33 4 91 82 54 47 Jean-Michel.Claverie@univ-amu.fr Presse CNRS  : Priscilla Dacher Tél +33 1 44 96 46 06 priscilla.dacher@cnrs-dir.fr
• Les virus géants (d'un diamètre supérieur à 0,5 millionième de mètre) sont, contrairement aux autres virus, aisément visibles avec un simple microscope optique. Ces virus, qui infectent les amibes, renferment un très grand nombre de gènes par rapport aux virus courants (ceux de la grippe ou du sida n'en contiennent qu'une dizaine). Leur taille (et leur génome) est comparable à celle de nombreuses bactéries, voire les dépasse.

Feuille de vigne marquée par le mildiou. Photo archives Sud Ouest/Emilie Drouinaud

Les alternatives aux pesticides existent. Un remède miracle et écologique contre le mildiou vient d'être découverte par des scientifiques du CNRS : une protéine présente dans les oeufs de l'escargot Biomphalaria glabrata, qui vit dans les eaux douces des tropiques.

Le mildiou, fléau de l'agriculture

Plaie du viticulteur, de l'agriculteur et du jardinier, le mildiou est une maladie répandue dans le monde entier,  causée par des micro-organismes de la famille des oocmycètes, qui ravage notamment la vigne. Le mildiou de la vigne, originaire d'Amérique du Nord, fut signalé pour la première fois dans le Bordelais en 1879. Il se développe sur tous les organes herbacés de la vigne et affectionne particulièrement ceux qui sont en voie de croissance et riches en eau. Pour le contrer, les viticulteurs conventionnels utilisent des pesticides,  produits chimiques polluants et toxiques pour la santé humaine. Les bio peuvent recourir à la bouillie bordelaise, mélange de cuivre et de soufre, qui fait partie des produits autorisés en agriculture biologique mais dans certaines limites. Plus naturelle, la bouillie bordelaise n'est pas "propre" à 100%.

Une protéine présente dans les oeufs

Cet escargot particulier qu'est le Biomphalaria glabrata (photo INRA ci-contre) est étudié par les chercheurs, car il est un vecteur d'une maladie parasitaire des zones tropicales (la bilharziose). Une protéine secrétée par le mollusque, qui constitue 60% des protéines du gel protecteur de ses oeufs, a des propriétés antibactériennes bien connue des scientifiques. D'où l'idée qu'a eue une équipe de scientifiques de l’Institut Sophia Agrobiotech, de la tester in vitro sur des oomycètes responsables du mildiou qui ravage notamment la vigne. C'était bien vu : ils n'y résistent pas.

Solution écologique

La protéine d’escargot pourrait donc représenter une alternative écologique aux pesticides. D’autant plus qu'elle est biodégradable, ce qui constitue un avantage environnemental supplémentaire.  L'enjeu économique de la découverte est, on s'en doute, énorme. Aussi, l'Inra a déposé un brevet  qui couvre l’utilisation de protéines de la même famille que celle produite par les escargots d’eau douce pour lutter contre les maladies à oomycètes.

Pas question toutefois de trouver pour l'instant le produit miracle tout prêt à utiliser pour soigner la vigne. Il faut encore trouver la formulation qui permettra de tester l'efficacité de la protéine dans des conditions réelles. A suivre.

Cathy Lafon

►CONTACTS SCIENTIFIQUES

• Christine Coustau UMR1355 ISA Institut Sophia Agrobiotech et Olga Baron
• Département(s) associé(s) : Santé des plantes et environnement Environnement et agronomieCentre(s) associé(s) :Provence-Alpes-Côte d'Azur

►LIRE AUSSI

• INRA : l’escargot qui terrasse les oomycètes
• Les articles de Ma Planète sur les pesticides : cliquer ICI

"Jade" va commercialiser un herbicide naturel pour désherber les cultures viticoles et agricoles. Photo archives  Sud Ouest/ Jean-Louis Borredon

Les alternatives aux pesticides existent. A l'occasion du Salon de l'agriculture, le ministère de l'Agriculture a fait savoir qu'il voulait sortir de sa confidentialité le secteur de la protection biologique des plantes dont la filière vise 20.000 emplois dans les quatre ans. En Gironde, une société, "Jade", se prépare à commercialiser un  désherbant naturel produit à base de colza.

La "protection biologique" des plantes, késako ?

La protection biologique des cultures, ou bio-contrôle, recouvre les alternatives à la chimie de synthèse, autrement dit, aux pesticides. C'est un secteur économique prometteur. Aujourd'hui, elle compte une cinquantaine de PME, 4.000 emplois et son chiffre d'affaires est évalué entre 100 et 150 millions d'euros. Promise à un beau développement, puisque la France s'engage à réduire l'utilisation des pesticides, sa croissance atteint 15 % à 20 % par an.

Nom de code : VVH86086

En juin 2013, le groupe Alidad Invest, installé à Mérignac (Gironde), se préparait à commercialiser prochainement un produit de bio-contrôle alternatif aux herbicides chimiques, non sélectif, défanant, dessiccant et anti mousse (surfaces dures). Nom de code de ce nouvel herbicide : VVH 86086. Aidé par Oséo et le Conseil régional d'Aquitaine, l'entreprise a créé une nouvelle société, baptisée "Jade" chargée de la vente au monde agricole, basée à Pessac.

Assurer une productivité agricole bio et durable en protégeant les agriculteurs

Dans le cadre de la réduction des pesticides voulue par le gouvernement et du développement de l’agriculture biologique qui va avec, le VVH 86086 s’inscrit dans une démarche de réduction de l’impact des activités agricoles sur l’environnement. Son objectif est de permettre à ses utilisateurs d’assurer la productivité de leur exploitation, en assurant une gestion durable des espaces verts. Tout en leur garantissant confort, propreté et sécurité pour l'applicateur, le consommateur et l'environnement. D’origine végétale, la substance active est extraite d’un processus naturel qui n’inclue pas de produit chimique. La molécule utilisée est très facilement biodégradable et après de nombreux tests sur vignes comme sur pommes de terre, aucun résidu n’a été retrouvé dans les produits. C’est pourquoi Alidad revendique pour VVH 86086 l'éligibilité au label "utilisable en agriculture biologique".

Comment ça marche ?

La particularité de VVH 86086 est qu’il ne tue pas l’herbe, il ralentit sa pousse. C’est d'ailleurs une des raisons pour laquelle l’efficacité du produit doit tenir compte des aléas climatiques. Alors qu’un seul passage peut suffire pour désherber la culture ou le jardin avant un été sec, il faudra en revanche s’y atteler à plusieurs reprises si l’été est humide afin d’éviter la repousse des mauvaises herbes. Son utilisation est à usage variable, en fonction des usages et des objectifs de chacun. Le produit attend l'autorisation de mise sur le marché, d'un jour à l'autre.

Les désherbants pèsent pour la moitié des ventes de pesticides

Jusqu'à présent, Alidad Invest vendait des produits pesticides classiques aux viticulteurs et agriculteurs du Sud-Ouest. Des produits toxiques et reconnus dangereux pour la santé humaine, désormais dans le collimateur du gouvernement, auxquels les produits de bio-contrôle élaborés à partir de substances naturelles vont pouvoir se substituer, même dans le cadre de l'agriculture biologique. L'enjeu est important pour cette entreprise : le potentiel est énorme puisque les seuls désherbants pèsent la moitié des ventes de pesticides.

Cathy Lafon

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