Photo AFP

"Pithovirus". C'est le petit nom d'un nouveau type de virus géant découvert par des scientifiques. Il a survécu plus de 30.000 ans, bien à l'abri et au froid, congelé dans une couche de permafrost sibérien contemporaine de l'extinction de l'homme de Neandertal, selon une étude franco-russe, présentée ce lundi 3 mars par le CNRS.

Un virus géant inoffensif pour l'homme et les animaux

Découvert dans le sol gelé en permanence de l'extrême Nord-Est sibérien, dans la région autonome de Chukotka, "Pithovirus" (photo Julia Bartoli et Chantal Abergel, IGS, CNRS/AMU) est un virus très ancien, capable d'infecter des amibes mais inoffensif pour les humains et les animaux. Bien différent des virus géants précédemment caractérisés comme le "Mimivirus" (famille Megaviridae), le premier géant découvert en 2003, ou le "Pandoravirus", découvert le 18 juillet 2013, il porte désormais à trois le nombre de familles des virus géants connues.

 Les risques potentiels pour la santé publique du réchauffement climatique

Voilà autre chose. On avait déjà un aperçu alarmant des conséquences de l'élévation des températures sur le climat, en accroissant par exemple l'intensité des phénomènes climatiques extrêmes, et sur la hausse du niveau des mers et des océans. On sait aussi que le permafrost, ou pergélisol, qui a commencé à fondre en Russie, en dégelant, dégage dans l'atmosphère du CO2 en quantité, renforçant le phénomène du réchauffement climatique. Le scoop, c'est que la fonte des glaces et du permafrost pourrait mettre aussi à jour des virus enfouis dans le sol il y a plus de 30.000 ans et qui pourraient être encore infectieux. "La fonte du permafrost due au réchauffement climatique et l'exploitation minière et industrielle des régions arctiques pourraient comporter des risques pour la santé publique", souligne ainsi Jean-Michel Claverie (laboratoire "Information Génomique et Structurale" (IGS-CNRS Marseille, France) co-auteur de l'étude.

Ne pas réveiller le virus qui dort...

La région de Chukotka d'où provient le nouveau virus géant abrite de grandes réserves de pétrole, de gaz naturel, de charbon, d'or et de tungstène. On sait combien la fonte des glaces de la banquise et le dégel du permafrost excitent les appétits féroces des grands groupes industriels miniers et pétroliers internationaux. On comprend pourquoi les scientifiques expriment leur inquiétude pour la santé publique :  des forages inconsidérés dans ce genre de zone, pourraient éventuellement réveiller des virus anciens disparus, infectieux pour l'homme.

Possibilité d'une réémergence de virus

La possibilité d'une réémergence de virus considérés comme éradiqués, comme celui de la variole qui se multiplie de façon similaire à celle des "Pithovirus", à partir de ce grand frigo qu'est le permafrost, ne relève plus d'un scénario de science-fiction, a affirmé le chercheur marseillais à l'AFP, en rappelant que la variole avait sévi dans le passé en Sibérie. 

Evaluer ce risque

Les laboratoires de biologie de Marseille et de Grenoble, avec le concours du Génoscope d'Evry, mènent ainsi une étude "métagénomique" du permafrost qui va permettre d'évaluer ce risque. "Il s'agit de chercher de l'ADN, c'est-à-dire les empreintes génétiques de virus (ou de bactéries) pathogènes pour l'Homme pour voir s'il y a par exemple des traces de variole dans des échantillons de cette couche de permafrost pris à 30 mètres de profondeur", a expliqué Jean-Marc Claverie.

Pour les chercheurs, cette découverte souligne combien notre connaissance de la biodiversité microscopique reste partielle dès que l'on explore de nouveaux environnements. Pour le quidam, elle révèle aussi que nous sommes vraisemblablement bien loin d'avoir fait le tour de toutes les conséquences du changement climatique pour l'avenir de l'humanité et de la planète.

Cathy Lafon

►LIRE AUSSI

• Pour consulter l'étude : "Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology". Cliquer ICI
• Les articles de Ma Planège sur la fonte de la banquise : cliquer ICI

►PLUS D'INFO

• On estime que le pergélisol, qui couvre près d'un quart de l'hémisphère Nord, contient 1.700 milliards de tonnes de dioxyde de carbone, soit le double de la quantité actuellement présente dans l'atmosphère.
• L'étude a réuni des équipes françaises de Marseille et de Grenoble (laboratoire de Biologie à Grande Echelle/CEA-INSERM-Joseph Fourier) et du Génoscope (CEA-CNRS, Evry), ainsi qu'une équipe de l'académie des Sciences de Russie (à Pushchino).
• Contacts.  Chercheur CNRS  : Chantal Abergel Tél +33 4 91 82 54 22 Chantal.Abergel@igs.cnrs-mrs.fr. Chercheur AMU :  Jean-Michel Claverie Tél +33 4 91 82 54 47 Jean-Michel.Claverie@univ-amu.fr Presse CNRS  : Priscilla Dacher Tél +33 1 44 96 46 06 priscilla.dacher@cnrs-dir.fr
• Les virus géants (d'un diamètre supérieur à 0,5 millionième de mètre) sont, contrairement aux autres virus, aisément visibles avec un simple microscope optique. Ces virus, qui infectent les amibes, renferment un très grand nombre de gènes par rapport aux virus courants (ceux de la grippe ou du sida n'en contiennent qu'une dizaine). Leur taille (et leur génome) est comparable à celle de nombreuses bactéries, voire les dépasse.

Feuille de vigne marquée par le mildiou. Photo archives Sud Ouest/Emilie Drouinaud

Les alternatives aux pesticides existent. Un remède miracle et écologique contre le mildiou vient d'être découverte par des scientifiques du CNRS : une protéine présente dans les oeufs de l'escargot Biomphalaria glabrata, qui vit dans les eaux douces des tropiques.

Le mildiou, fléau de l'agriculture

Plaie du viticulteur, de l'agriculteur et du jardinier, le mildiou est une maladie répandue dans le monde entier,  causée par des micro-organismes de la famille des oocmycètes, qui ravage notamment la vigne. Le mildiou de la vigne, originaire d'Amérique du Nord, fut signalé pour la première fois dans le Bordelais en 1879. Il se développe sur tous les organes herbacés de la vigne et affectionne particulièrement ceux qui sont en voie de croissance et riches en eau. Pour le contrer, les viticulteurs conventionnels utilisent des pesticides,  produits chimiques polluants et toxiques pour la santé humaine. Les bio peuvent recourir à la bouillie bordelaise, mélange de cuivre et de soufre, qui fait partie des produits autorisés en agriculture biologique mais dans certaines limites. Plus naturelle, la bouillie bordelaise n'est pas "propre" à 100%.

Une protéine présente dans les oeufs

Cet escargot particulier qu'est le Biomphalaria glabrata (photo INRA ci-contre) est étudié par les chercheurs, car il est un vecteur d'une maladie parasitaire des zones tropicales (la bilharziose). Une protéine secrétée par le mollusque, qui constitue 60% des protéines du gel protecteur de ses oeufs, a des propriétés antibactériennes bien connue des scientifiques. D'où l'idée qu'a eue une équipe de scientifiques de l’Institut Sophia Agrobiotech, de la tester in vitro sur des oomycètes responsables du mildiou qui ravage notamment la vigne. C'était bien vu : ils n'y résistent pas.

Solution écologique

La protéine d’escargot pourrait donc représenter une alternative écologique aux pesticides. D’autant plus qu'elle est biodégradable, ce qui constitue un avantage environnemental supplémentaire.  L'enjeu économique de la découverte est, on s'en doute, énorme. Aussi, l'Inra a déposé un brevet  qui couvre l’utilisation de protéines de la même famille que celle produite par les escargots d’eau douce pour lutter contre les maladies à oomycètes.

Pas question toutefois de trouver pour l'instant le produit miracle tout prêt à utiliser pour soigner la vigne. Il faut encore trouver la formulation qui permettra de tester l'efficacité de la protéine dans des conditions réelles. A suivre.

Cathy Lafon

►CONTACTS SCIENTIFIQUES

• Christine Coustau UMR1355 ISA Institut Sophia Agrobiotech et Olga Baron
• Département(s) associé(s) : Santé des plantes et environnement Environnement et agronomieCentre(s) associé(s) :Provence-Alpes-Côte d'Azur

►LIRE AUSSI

• INRA : l’escargot qui terrasse les oomycètes
• Les articles de Ma Planète sur les pesticides : cliquer ICI

Les dangers de l'usage des pesticides pour la santé des travailleurs de la vigne en Bordelais a été soulignée par l'enquête APAChe : Analyse de Pesticides Agricoles dans les CHEveux, de l'association Générations futures, le mardi 19 février 2013.

Près de 1.200 médecins de France métropolitaine et des Antilles ont signé un appel mettant en garde contre les dangers des pesticides pour la santé humaine. Ils ont remis leur pétition au Sénat le 30 janvier.

Le chlordécone, un pesticide utilisé aux Antilles

Lancé sur internet en septembre par un groupe de médecins limousins auxquels se sont associés des médecins de Martinique et de Guadeloupe, l'appel des "1.200" a pour origine l’affaire du chlordécone, un pesticide employé à large échelle aux Antilles pour lutter contre le charançon du bananier, entre 1973 et 1993 avant d’être interdit mais dont la présence persistance dans les sols et rivières continue à contaminer les cultures, viandes et poissons. Et les hommes qui s'en nourrissent ou les ont manipulés.

L'union de deux appels

Le collectif avait programmé fin janvier une conférence de presse au Sénat, pour diffuser son appel sur les dangers des pesticides. Hasard du calendrier, un député de Haute-Garonne, Gérard Bapt, organisait le même jour à l'Assemblée nationale un colloque intitulé  "Pesticides : santé et biodiversité". Ce colloque était l'aboutissement d'une autre pétition initiée en novembre dernier :  "L'appel de Montpellier". Les deux "appels" ont donc fini par se rejoindre et unir leurs forces. "Cinq médecins ont ainsi pu porter la pétition des "1.200" signataires en ouverture au colloque de l'Assemblée nationale et la remettre au ministre de l'Ecologie, Philippe Martin, avant de la présenter au Sénat", précise le Dr Joseph Mazé, membre de AMPL (Alerte des médecins limousins sur les pesticides).

"Chacun doit prendre ses responsabilités"